Inicialmente fue un convento fundado en el año 1517 por el Duque de Medinaceli.
Años más tarde, hacia 1570, se iniciaron los trabajos de construcción de la iglesia, finalizando la capilla mayor en el siglo XVII.
En 1860 la Compañía de Jesús construyó el colegio de San Luis Gonzaga y la iglesia de San Francisco.
Fue en 1986 cuando se constituye como iglesia parroquial.
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