Esta ermita data de una época, que podríamos situar entre los siglos XVI y XVII, en la que la orden franciscana promovió la creación de cofradías dedicadas a la advocación de la Vera Cruz. Probablemente en estos años se edificó este pequeño templo.
Sin embargo, la hermandad, el municipio gaditano, tuvo que esperar algunos años más antes de ser fundada, Se cita en fuentes consultadas que podría establecer esa fecha alrededor de 1576.
El templo en si ha sido objeto de modificaciones a lo largo de su tiempo de existencia, por lo que, su aspecto actual difiere bastante del proyecto original. En un principio la iglesia estaba emplazada en una ubicación extramuros de la antigua villa de Chiclana y apartada del centro urbano de aquel entonces. Pasado el tiempo y con las sucesivas expansiones urbanísticas que ha sufrido la ciudad, poco a poco ha ido quedando integrada dentro del entramado urbano de Chiclana de la Frontera.
Un dato interesante del crucificado actual, que ejerce como imagen titular de la cofradía, es que fue traído por el presbítero Pedro Pérez desde la propia Veracruz mexicana.
La talla fue realizada con pasta de Yute y caña de maíz, siguiendo las técnicas escultóricas propias de esta región americana.
A día de hoy, probablemente, sea el templo más antiguo que aún se mantiene en pie en la ciudad de Chiclana de la Frontera.
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