A comienzos del siglo XVII la Universidad de Mareantes promovió la construcción de un colegio – seminario cuyo objetivo sería el de enseñar a los niños huérfanos a ser pilotos y, de esta forma emplearlos en los barcos que navegaban hacia las colonias españolas.
Inicialmente, el edificio se propuso construirlo donde se encontraba las casas de esta institución. Pero dadas sus dimensiones, se cambió su ubicación en unos terrenos conocidos como haza de San Telmo, frente a la puerta de Jerez. Las obras se iniciaron en 1692 y, aunque se prolongaron durante el siglo XVIII, a finales del XVII ya albergaba alumnos.
Durante el siglo XIX, paso a convertirse en colegio Naval Militar por seis años. A partir de entonces, el edificio cumplió diferentes cometidos: sede de la Sociedad del Ferrocarril, colegio Real de humanidades y residencia del duque de Montpensier.
En 1989, la Junta de Andalucía realizó gestiones con el Arzobispado de Sevilla que concluyeron con la cesión del edificio que, a partir de entonces, sería sede del gobierno autonómico. A cambio, se alcanzó el compromiso de construir un nuevo seminario en la Avenida de la Palmera.
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